Ο τρίτος πυλώνας δράσης της Επιτρόπου αφορά την ενδυνάμωση και τη συμμετοχή των παιδιών ώστε να οικοδομήσουν, στο μέγιστο δυνατό βαθμό, τη δυνατότητα να διεκδικούν και να ασκούν τα δικαιώματά τους. Βασική προϋπόθεση για ενδυνάμωση και συμμετοχή των παιδιών είναι η επαρκής και κατάλληλη πληροφόρηση και η καλλιέργεια δεξιοτήτων και στάσεων για ενεργό συμμετοχή.
Η Επίτροπος στοχεύει στην ενδυνάμωση των παιδιών και στην προώθηση του δικαιώματός τους στη συμμετοχή, μέσα από δράσεις που υλοποιεί το ίδιο το ΓΕΠ ή/και σε συνεργασία με άλλους φορείς. Επιδίωξη της Επιτρόπου είναι η παροχή πολλαπλών και διαφοροποιημένων ευκαιριών για ενδυνάμωση και ιδιαίτερα, για ενεργό συμμετοχή των παιδιών στις διαδικασίες λήψης αποφάσεων καταγράφοντας και προωθώντας τις απόψεις τους για θέματα που τα αφορούν. Οι απόψεις και οι εισηγήσεις των παιδιών, αποτελούν για την Επίτροπο σημαντικό κριτήριο καθορισμού των προτεραιοτήτων και των δράσεων του Θεσμού που υπηρετεί, και έχουν αξιοποιηθεί επαρκώς προς τη συγκεκριμένη κατεύθυνση.
Από τα προγράμματα που εφαρμόστηκαν το 2018, συνολικά ωφελήθηκαν περί τις 48 σχολικές μονάδες, ενώ υπολογίζεται ότι ενδυναμώθηκαν περίπου γύρω στα 1200 παιδιά και ευαισθητοποιήθηκαν γύρω στους 100 εκπαιδευτικούς. Αναμένεται ότι τα παιδιά και οι εκπαιδευτικοί που επωφελήθηκαν από την εφαρμογή των προγραμμάτων, θα λειτουργήσουν ως πολλαπλασιαστές για μεγιστοποίηση των αποτελεσμάτων.